这篇文章给大家分享的是有关vcftools如何计算snp缺失率的内容。小编觉得挺实用的，因此分享给大家做个参考，一起跟随小编过来看看吧。vcftools计算snp缺失率vcftools中有两个参数可以计算vcf文件中snp的缺失率。分别是：–missing-indv 生成一个文件，报告每个样品的缺失情况，该文件的后缀为“.imiss”。–missing-site 生成一个文件，报告每个snp位点的缺失情况，该文件的后缀为“.lmiss”。具体用法：vcftools –vcf snp.vcf. –missing-site运行以上命令后会在当前目录生成一个 out.lmiss 文件，其格式如下：前两列为snp所在位置，第三列为等位基因总数，第5列为缺失的总数，最后一列为缺失率。
vcftools –vcf snp.vcf. –missing-indv运行以上命令后会在当前目录生成一个 out.imiss 文件，其格式如下：第一列为样品名称，第二列为总的snp数，第4列为缺失的总数，最后一列为缺失率。
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