这篇文章主要介绍“自动化运行OrthoMCL的方法”，在日常操作中，相信很多人在自动化运行OrthoMCL的方法问题上存在疑惑，小编查阅了各式资料，整理出简单好用的操作方法，希望对大家解答”自动化运行OrthoMCL的方法”的疑惑有所帮助！接下来，请跟着小编一起来学习吧！安装OrthoMCL Pipeline直接去github下载zip安装包，或者直接使用git命令下载安装perl依赖包使用cpan或者cpanm安装依赖包安装blast，MCL及OrthoMCL安装好2.2.26版本的BLAST (blastall, formatdb, 不是blast+, 更旧的版本可能不会正确运行)
下载编译安装MCL
下载编译安装OrthoMCL
确保blastall, formatdb, MCl和OrthoMCL都加入了环境变量检查依赖的软件是否安装齐全出现下面的提示则安装齐全了Orthomcl-pipeline配置文件配置文件在orthomcl-pipeline-installed-path/etc/orthomcl-pipeline.conf根据计算资源可以把split改为合适的数字，split类似于运行的线程数配置数据库需要安装好MySQL数据库
1. 如果之前已经创建过orthomcl数据库，可以用下面的perl脚本进行配置2. 如果之前没有配置过orthomcl数据库，需要先以root运行mysql，创建orthomcl用户当用户创建后，再用perl脚本配置脚本会生成orthomcl.conf文件，这个文件之后就不用坐任何修改了。测试出现上面的信息说明安装成功了！！！运行可以加上—nocompliant就可以不显示没必要的提示信息了zbl文件夹里面放入fasta格式 香港云主机的蛋白序列文件，一个基因组一个文件，例如genome1.fasta, genome2.fasta, 文件后缀名必需是.fasta。zbl-out文件夹里面是所有的结果，包括聚类完成的groups文件，orthologs文件，inparalogs文件以及coorthologs文件。到此，关于“自动化运行OrthoMCL的方法”的学习就结束了，希望能够解决大家的疑惑。理论与实践的搭配能更好的帮助大家学习，快去试试吧！若想继续学习更多相关知识，请继续关注开发云网站，小编会继续努力为大家带来更多实用的文章！
这篇文章主要介绍“自动化运行OrthoMCL的方法”，在日常操作中，相信很多人在自动化运行OrthoMCL的方法问题上存在疑惑，小编查阅了各式资料，整理出简单好用的操作方法，希望对大家解答”自动化运行OrthoMCL的方法”的疑惑有所帮助！接下来，请跟着小编一…
免责声明：本站发布的图片视频文字，以转载和分享为主，文章观点不代表本站立场，本站不承担相关法律责任；如果涉及侵权请联系邮箱：360163164@qq.com举报，并提供相关证据，经查实将立刻删除涉嫌侵权内容。
微信扫一扫 
