R语言怎么使用cgdsr包获取TCGA数据


本篇内容主要讲解“R语言怎么使用cgdsr包获取TCGA数据”,感兴趣的朋友不妨来看看。本文介绍的方法操作简单快捷,实用性强。下面就让小编来带大家学习“R语言怎么使用cgdsr包获取TCGA数据”吧!众所周知,TCGA数据库是目前最综合全面的癌症病人相关组学数据库,包括的测序数据有:DNA SequencingmiRNA SequencingProtein ExpressionmRNA SequencingTotal RNA SequencingArray-based ExpressionDNA MethylationCopy Number知名的肿瘤研究机构都有着自己的TCGA数据库探索工具,比如:Broad Institute FireBrowse portal, The Broad InstitutecBioPortal for Cancer Genomics, Memorial Sloan-Kettering Cancer CenterTCGA Batch Effects, MD Anderson Cancer CenterRegulome Explorer, Institute for Systems BiologyNext-Generation Clustered Heat Maps, MD Anderson Cancer Center其中cBioPortal更是被包装到R包里面这里介绍如何使用R语言的cgdsr包来获取任意TCGA数据。cgdsr包:R语言工具包,可以下载TCGA数据。
DT包:data.table包,简称DT包,是R语言中的数据可视化工具包。DT包可以将Javascript中的方法运用到R中,也能将矩阵或者数据表在网页中可视化为表格,以及其它的一些功能。上表的cancer_study_id其实就是数据集的名字,我们任意选择一个数据集,比如stad_tcga_pub ,可以查看它里面有多少种样本列表方式。查看任意数据集的数据形式一般来说,TCGA的一个项目数据就几种,如下:样本个数差异很大,不同癌症热度不一样。只需要根据癌症列表选择自己感兴趣的研究数据集即可,然后选择好感兴趣的数据形式及对应的样本量。就可以获取对应的信息:很简单就得到了指定基因在指定癌症的表达量下面的函数,主要是配色比较复杂,其实原理很简单,就是一个热图。到此,相信大家对“R语言怎么使免费云主机域名用cgdsr包获取TCGA数据”有了更深的了解,不妨来实际操作一番吧!这里是百云主机网站,更多相关内容可以进入相关频道进行查询,关注我们,继续学习!

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