本篇内容主要讲解“GATK BQSR的作用 香港云主机是什么”，感兴趣的朋友不妨来看看。本文介绍的方法操作简单快捷，实用性强。下面就让小编来带大家学习“GATK BQSR的作用是什么”吧!BQSR 全称叫做 Base Quality Score Recalibration， 可以理解为碱基质量校正。对于变异位点的鉴定，碱基质量是非常重要的。比如测序识别到的一个位点，其碱基和参考基因组上的碱基不同，但是其质量值特别低，此时可以认为是一个测序错误，而不是一个SNP位点。在测序的原始数据中，本身就提供了每个碱基对应的质量值，但是GATK官方认为测序仪提供的碱基质量值，是不准确的，存在误差的。某个位点前后的碱基的种类，称之为上下文环境，会对这个碱基的质量值产生影响。对于A,T,C,G 4种碱基，共有4 x 4 =16 种上下文环境，左侧的图是利用fastq文件中测序仪给出的碱基质量值做的图，可以看到，对于不同的上下文环境，碱基质量值分布不同；右图为经过BQSR校正之后，不同上下文环境中碱基质量的分布。可以看到，校正之后，不同的上下文环境的碱基质量分布基本相同。也就是说，BQSR消除了上下文环境对碱基质量的影响。在碱基质量校正时，主要考虑下列3个因素：碱基在reads中的位置碱基的上下文环境碱基原始的质量值
根据这3这个因素，首先计算出原始碱基质量中错误的分布模型，然后利用这个模型对碱基质量校正，生成新的碱基质量值。执行BQSR分析包含以下三步命令如下在计算的过程中， 不考虑已知的变异位点的碱基质量，--known-sites指定已知变异位点对应的vcf文件。这一步对单个样本进行操作，每个样本生成一个错误模型文件。命令如下命令如下：BQSR会对输入的bam文件中的碱基质量值进行替换，替换为校正之后的质量值，而原先的质量值保存在OQtag 中，示意图如下到此，相信大家对“GATK BQSR的作用是什么”有了更深的了解，不妨来实际操作一番吧！这里是开发云网站，更多相关内容可以进入相关频道进行查询，关注我们，继续学习！
怎么理解大数据中x的n次幂函数，很多新手对此不是很清楚，为了帮助大家解决这个难题，下面小编将为大家详细讲解，有这方面需求的人可以来学习下，希望你能有所收获。1题目描述编辑一个函数，计算x的n次幂。如：输入2.00000，10，输出9.26100。2题解看完上述…
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