R语言中怎么用ggtree画圆形的树状图展示聚类分析的结果


今天就跟大家聊聊有关R语言中怎么用ggtree画圆形的树状图展示聚类分析的结果,可能很多人都不太了解,为了让大家更加了解,小编给大家总结了以下内容,希望大家根据这篇文章可以有所收获。做完聚类分析通常可以选择树形图来展示聚类分析的结果,之前公众号也分享过一篇文章 R语言聚类树图小例子如果样本数不是很多,可以选择矩形的树状图。但是样本数如果比较多,比如今天一位公众号的读者留言说他有160多个样本,这样矩形的树状图就会比较宽或者比较长。这个时候就可以选择用圆形的柱形图来展示。那么圆形的树状图如何实现呢?我查找了一下相关资 香港云主机料。R语言包dendextend这个包可以实现,利用help(package="dendextend")查看帮助文档,能够看到其中的一个小例子但是这个后期美化起来好像不太方便。还找到了一个参考链接是 http://talgalili.github.io/dendextend/articles/dendextend.html介绍的也是 dendextend这个包的用法。Y叔开发的ggtree包时用来可视化进化树的,我隐约记得好像也可以用来画聚类分析的树状图。所以我搜索 ggtree show cluster result 找到 http://yulab-smu.top/treedata-book/chapter9.html 这个应该是Y叔专门为ggtree写的一本书。这里写到直接将聚类分析的结果传递给ggtree()就可以,比如这里我先用了 我之前在3.6.1版本上安装的ggtree,是不可以的。应该是需要更新到最新的ggtree版本。如何更新R包这里我没有仔细研究。我直接安装了R4.0.3,然后在这个R版本里安装ggtree这个时候再运行上面提到的例子就可以直接得到结果把树的形状改为圆形,添加样本的名称鸢尾花数据集是150个样本,用圆形的图看下效果最终的结果是看完上述内容,你们对R语言中怎么用ggtree画圆形的树状图展示聚类分析的结果有进一步的了解吗?如果还想了解更多知识或者相关内容,请关注开发云行业资讯频道,感谢大家的支持。

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