这篇文章主要介绍“r语言怎么实现manhattan图”，在日常操作中，相信很多人在r语言怎么实现manhattan图问题上存在疑惑，小编查阅了各式资料，整理出简单好用的操作方法，希望对大家解答”r语言怎么实现manhattan图”的疑惑有所帮助！接下来，请跟着小编一起来学习吧！一、R-qqman包R包就会涉及安装，载入，如下：安装：install.packages(‘qqman’)载入：library(qqman)head(gwasResults,3) #查看qqman提供qwas示例数据（gwasResult）SNP CHR BP P1 rs1 1 1 0.91480602 rs2 1 2 0.93707543 rs3 1 3 0.2861395其中：SNP—snp名称，CHR—染色体编号，BP—碱基位置，P—p值；1）最简单的manhattan：manhattan(gwasResults)2）加入标题、调整颜色、部分SNP高亮等细节head(snpOfInterest) #查看内置高亮snp数据，snpOfInterest可自行设置manhattan(gwasResults, col = c(“blue4”, “orange3”), main = “Results from simulated trait”,genomewideline = FALSE, suggestiveline = FALSE,highlight = snpsOfInterest[1:10])其中参数：CHR3的绿色点来自snpsOfInterest，highlight参数控制；蓝色横线由参数suggestiveline控制；红色横线由参数genomewideline控制；3）批量表示基因名gwasResults[3057,1]
manhattan(gwasResults,suggestiveline =FALSE,genomewideline =FALSE,col=c(“#FF6A6A”,”#43CD80″,”#EE7600″),annotatePval=0.05,annotateTop=TRUE)其中：annotatePval可以设置p阈值，低于该值的散点将会在图中被标记；annotateTop默认为True，即仅标记p值最小的点，所以该图中各条染色体只有一个snp被标记，倘若annotateTop设置为False，则所有低于annotatePval的点均会被标记。二、R-CMplot包参数更多，图更美观；多表型manhattan图绘制；circos状展示；1）沿用gwasResults数据：CMplot(gwasResults,plot.type=”m”,LOG10=TRUE,threshold=NULL,chr.den.col=NULL,file=”jpg”,memo=””,dpi=300)2）SNP的密度在图下面展示（CMplot内置数据）：CMplot(pig60K, plot.type=”m”, LOG10=TRUE, ylim=NULL, threshold=c(1e-6,1e-4),threshold.lty=c(1,2),threshold.lwd=c(1,1), threshold.col=c(“black”,”grey”),amplify=TRUE,chr.den.col=c(“darkgreen”,”yellow”,”red”),bin.size=1e6,signal.col=c(“red”,”green” 香港云主机),signal.cex=c(1,1),signal.pch=c(19,19),file=”jpg”,memo=””,dpi=300)#parameter ‘chr.den.col’ is bigger than 1, SNP density that countsthe number of SNP within given size(‘bin.size’) will be plotted3）多表型展示CMplot(pig60K, plot.type=”m”, multracks=TRUE, threshold=c(1e-6,1e4),threshold.lty=c(1,2),threshold.lwd=c(1,1), threshold.col=c(“black”,”grey”), amplify=TRUE,bin.size=1e6,chr.den.col=c(“darkgreen”, “yellow”, “red”), signal.col=c(“red”,”green”),signal.cex=c(1,1),file=”jpg”,memo=””,dpi=300)4）circos状展示CMplot(pig60K,plot.type=”c”,chr.labels=paste(“Chr”,c(1:18,”X”),sep=””),r=0.4,cir.legend=TRUE,outward=FALSE,cir.legend.col=”black”,cir.chr.h=1.3,chr.den.col=”black”,file=”jpg”,memo=””,dpi=300)到此，关于“r语言怎么实现manhattan图”的学习就结束了，希望能够解决大家的疑惑。理论与实践的搭配能更好的帮助大家学习，快去试试吧！若想继续学习更多相关知识，请继续关注开发云网站，小编会继续努力为大家带来更多实用的文章！
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