这篇文章主要为大家展示了“mirDIP数据库有什么用”，内容简而易懂，条理清晰，希望能够帮助大家解决疑惑，下面让小编带领大家一起研究并学习一下“mirDIP数据库有什么用”这篇文章吧。miRNA靶基因预测是研究miRNA功能机制必经的一个环节，现有的相关软件和数据库非常多，然而不同软件的算法各有优劣，在不同数据库之间的交叉检索费时费力，所以需要一个整合多个数据库和软件资源的集成型数据库，mirDIP就是在这样的驱动下产生，集成了30个来源数据库中human相关的靶基因信息，网址如下http://ophid.utoronto.ca/mirDIP/index.jsp在Statistics页面，可以看到详细的来源数据库和对应的数据量信息，示意如下可以看到，去除冗余之后，共包含27667个 香港云主机基因，2586个miRNA, 约152万条miRNA-target gene信息。mirDIP不仅仅是做了一个简单的数据整理和去冗余工作，对于来自多个数据库中的靶基因信息，首先对其进行了归一化。将所有靶基因按照可信度从高到底排列，将其归一化到0到1这个区间，0代表可信度最高，1代表可信度最差， 然后利用各个数据库中归一化之后的数值，给出一个总的打分值，公式如下就是用1减去各个数据库中归一化之后的数值的乘积，根据靶基因对应的score值，划分成了4个范围，示意如下按照score从大到小排序，前1%称之为Very High, 接下来依次为High, Medium, Low。官网提供了以下3种检索方式，可以灵活选择这种方式直接检索mirDIP中整理好的非冗余数据集，可以根据miRNA ID或者gene symbol进行检索，检索结果示意如下这种方式可以根据特定来源数据库对结果进行筛选，示意如下这种方式采用matrix的形式展示多个miRNA或者gene的靶基因结果，示意如下在最后一列会给出共有的miRNA个数，可以用于分析多个miRNA共有的靶基因。检索结果可以下载，在检索框下方的工具条可以选择下载的格式，支持CSV和TAB两种格式，示意如下
该数据库可以免费下载，而且提供了API服务，可以方便的获取数据。该数据库为miRNA靶基因数据的整合提供了一个良好的参照，可以采用相同的思路来整理小鼠，大鼠等常见物种的靶基因数据库。以上是“mirDIP数据库有什么用”这篇文章的所有内容，感谢各位的阅读！相信大家都有了一定的了解，希望分享的内容对大家有所帮助，如果还想学习更多知识，欢迎关注开发云行业资讯频道！
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