NAR发布全新噬菌体捕获工具Prophage Hunter怎么用，很多新手对此不是很清楚，为了帮助大家解决这个难题，下面小编将为大家详细讲解，有这方面需求的人可以来学习下，希望你能有所收获。”NAR.Prophage Hunter5月22日，来自深圳华大生命科学研究院和国家基因库的研究人员在国际著名期刊《Nucleic Acids Rese 香港云主机arch》上发布了一个全新的噬菌体捕获工具：Prophage Hunter。
Prophage Hunter提供了一种从细菌基因组提取原噬菌体基因组的一站式web服务，可用于评估噬菌体的活性、鉴定亲缘关系近的噬菌体、并注释噬菌体的蛋白功能。与超过19.9万个细菌基因组相比，截至2019年4月26日，NCBI基因组中只有不到1.1万个噬菌体基因组。传统噬菌体信息主要来源于从自然界中分离的噬菌体，这样的获取方式不仅存在随机性，而且由于一些细菌生长条件的特殊性限制，部分噬菌体信息难以获取，而NGS技术的发展有助于解决以上问题。
目前有几种工具可以从细菌NGS数据中预测噬菌体序列，包括MARVEL、VirFinder、PHASTER、MetaPhinder、VirSorter、PhiSpy。其中只有PHASTER预测了原噬菌体区域的完整性，但也只是简单的将核酸、总基因、必需基因和噬菌体类似基因的数量的分数相加，忽略了原噬菌体在细菌细胞内可能经历的突变事件。此外，所有基于数据库的预测工具均只识别与其数据库记录类似度最高的噬菌体。
Prophage Hunter整合了基于序列相似性的比对以及基于遗传特征的机器学习分类，旨在对原噬菌体是否具备活性进行打分。同时，Prophage Hunter用户可选跳过基于序列相似性的比对，这样就增加了发现新噬菌体的概率。Prophage Hunter仍然如文中所述在几个方面存在改善空间，但目前在预测活性噬菌体方面比现有工具具备更高精度。
应用运用Prophage Hunter，我们可以充分利用不断增长的细菌NGS数据来挖掘原噬菌体信息。预测原噬菌体是否具备活性有助于研究细菌和噬菌体共进化、噬菌体生理特性、寻找包括新型CRISPR系统在内的细菌防御系统、定制合成噬菌体用于治疗疾病等。Prophage Hunter希望可以吸引来自基因组学、微生物学、合成生物学和其他相关领域的广泛用户，并促进这些领域的研究。本次研究中Prophage Hunter临床案例研究中分离得到的K. pneumoniae KP6512、A. baumannii AB8929和原噬菌体序列均保存在了国家基因库生命大数据平台（CNGBdb），项目编号：CNP0000380 。看完上述内容是否对您有帮助呢？如果还想对相关知识有进一步的了解或阅读更多相关文章，请关注开发云行业资讯频道，感谢您对开发云的支持。
本篇内容主要讲解“怎么实现Java单例模式”，感兴趣的朋友不妨来看看。本文介绍的方法操作简单快捷，实用性强。下面就让小编来带大家学习“怎么实现Java单例模式”吧!单例模式（Singleton Pattern）是一个比较简单的设计模式，属于创建型模式。其定义为…
免责声明：本站发布的图片视频文字，以转载和分享为主，文章观点不代表本站立场，本站不承担相关法律责任；如果涉及侵权请联系邮箱：360163164@qq.com举报，并提供相关证据，经查实将立刻删除涉嫌侵权内容。
微信扫一扫 
