下载NCBI SRA数据的最佳方法是什么

1449272589 • 08/14 17:18 • Linux技术 • 阅读 120

下载NCBI SRA数据的最佳方法是什么，针对这个问题，这篇文章详细介绍了相对应的分析和解答，希望可以帮助更多想解决这个问题的小伙伴找到更简单易行的方法。即20 香港云主机19开始，SRA数据库的数据存储方式做出了改变，使用ascp来下载数据可能会带来其他的一些问题。
下载安装SRA Toolkit：https://trace.ncbi.nlm.nih.gov/Traces/sra/sra.cgi?view=software下载二进制（binaries）版本，下载下来即可使用，不需要编译安装。
解压后加入环境变量。使用 prefect 下载数据：方法一：
直接指定Run编号进行下载，如：SRR1482462方法二：批量下载一个Project的所有Run/Sample :先进入其中一个run的页面，点击“All run”然后点击“Accession List”，会下载一个名为“SRR_Acc_List.txt”的文件，这个文件里面有所有run的编号。使用如下命令批量下载(放入后台不中断下载：nohup cmd &)：Note:1.aspera在下载其他数据库（如EBI）的数据时，仍然是十分不错的工具2. 下载完之后，可以用如下命令批量解压：关于下载NCBI SRA数据的最佳方法是什么问题的解答就分享到这里了，希望以上内容可以对大家有一定的帮助，如果你还有很多疑惑没有解开，可以关注开发云行业资讯频道了解更多相关知识。

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