Lammps分子动力学软件MPI并行教程是什么

Lammps分子动力学软件MPI并行教程是什么，很多新手对此不是很清楚，为了帮助大家解决这个难题，下面小编将为大家详细讲解，有这方面需求的人可以来学习下，希望你能有所收获。LAMMPS是一种经典的分子动力学仿真代码，设计用于在并行计算机上高效运行。它是由美国能源部下属的桑迪亚国家实验室(Sandia National Laboratories)开发的。它是一个开源代码，根据GNU公共许可证(GPL)的条款自由分发。Github官网：https://github.com/lammps/lammps/tree/stable所需编译器套件：Intel Parallel Studio XE 2019OpenMPI（Open Message Passing Interface，a open source High Performance Computing）OpenMP（Open Multi-processing）从github上下载源码（可能较慢，可用迅雷等工具加速）：进入lammps项目目录并新建一个build文件夹（参考教程）：目前已知Cmake的3.10版本在查找MPI安装目录和类库的时候会遇到问题，解决方案是使用3.9版本。
将MPI类库环境变量配置好（可以善用which mpi、whereis mpi等命令查找本机已经安装了的MPI在哪里）：
配置好INTEL编译器环境（可以善用which icc、whereis icc等命令查找本机已经安装了的INTEL在哪里）：
运行cmake并附带配置的选项，注意intel编译器路径选择和c编译器修改（不要使用gcc，使用icc）：
如果还有问题，直接在cmake中设置MPI路径：
添加附加包（标准附加包列表）：假设我们需要添加MOLECULE包，则应该在cmake命令后添加如下参数
我们可以看到，格式是 -DPKG_包名。下面提供内部包一键安装便捷代码：
附加包需要高版本nvcc等依赖的单独列在下面：
报错：mpirun: error while loading shared libraries: libimf.so: cannot open shared object file: No such file or directory。原因是使用了intel的编译器，却没把相应intel类库地址加入环境变量。其实intel有非常方便的source文件，它能自动添加这些类库，参见本文（三)-3《配置好INTEL编译器环境》（参考资料：https://zhidao.baidu.com/question/292886685.html）报错– Could NOT find MPI_C (missing: MPI_C_WORKS) — Could NOT find MPI_CXX (missing: MPI_CXX_WORKS) — Could NOT find MPI (missing: MPI_C_FOUND MPI_CXX_FOUND)，但明明已经安装了MPI而且配置了MPI环境变量。原因是cmake自身问题，不要使用太新的cmake。这里使用3.9版本完美解决这个问题，详细资料参考https://gitla 香港云主机b.kitware.com/cmake/cmake/issues/18570。使用了并行命令却没看到CPU核心占满：（相似问题包括：why physical processors only 1、processors 1 1 1、1 by 1 by 1）首先明确一点，只要编译时正确打开了-DBUILD_OMP -DBUILD_MPI，编译后的lmp可执行文件就一定是支持MPI、OpenMP并行功能的。剩下的就是执行命令与程序的问题。并行的执行命令不能含有重定位标识符，如才是正确的，必须-in来调用in文件。便捷命令：看完上述内容是否对您有帮助呢？如果还想对相关知识有进一步的了解或阅读更多相关文章，请关注开发云行业资讯频道，感谢您对开发云的支持。